Устойчивый тренд последних десятилетий – поиск и внедрение эффективных рациональных и возобновляемых источников тепловой энергии для снижения загрязнения окружающей среды. Пеллеты из сельскохозяйственной биомассы можно использовать в качестве биотоплива. Цель – рассмотрены вопросы развития биоэнергетики в Казахстане, экономической целесообразности применения данной технологии за счет управления цепочками поставок соломы зерна и масличных растений от поля до потребителя. Методы – анализ логистического аудита, при котором исследованы характеристики производственно-сбытовых звеньев от сырья до энергоресурсов, с учетом каждого этапа логистики: сбор урожая, хранение, транспортировка, связанные с этим затраты и поток информации по логистическим каналам. Результаты – определены основные логистические цепочки доставки данного органического энергоносителя, его стоимость и сложные логистические операции при производстве и использовании энергии, а также потери на каждой стадии. Установлено, что потенциальное количество отходов варьирует для различных сельхозкультур и регионов республики. Разработаны рекомендации по функционированию системы логистики подвоза отработанных материалов аграрного производства в качестве топлива для котельной и показаны направления повышения эффективности логистических средств связи на основе существующих и потенциальных путей завоза биомассы. Выводы – агропромышленный комплекс получит значительные выгоды от использования возобновляемых источников энергии (ВИЭ) за счет «зеленых» технологий. Помимо экологических преимуществ ВИЭ позволят снизить эксплуатационные расходы, повысить энергетическую безопасность предприятия. Производство возобновляемой энергии будет способствовать диверсификации доходов хозяйствующих субъектов сферы АПК за счет реализации излишков производимой электроэнергии, а также различных видов биотоплива – перспективного вида возобновляемых энергетических ресурсов с высокой калорийностью.